Der Kleestensee liegt in einer Rinne, die sich vom etwa 300 Meter nördlich befindlichen Ort Kleesten bis zum See Lüschow erstreckt. Diese Rinne besteht zum Großteil aus Grünland, die Hänge sind bewaldet.
Das wenig gegliederte Gewässer besitzt maximale Ausdehnungen von etwa 480 × 220 Metern. Es wird von einem südlich von Kleesten beginnenden Graben durchflossen, der das Wasser zur Lüschow abführt.
Das Flächennaturdenkmal hebt sich als Steilhang mit einer Neigung von über 50° deutlich von seiner näheren Umgebung, einer flachwelligen Sanderlandschaft, ab. Das Schutzgebiet befindet sich am Nordrand des gleichnamigen Forstreviers im Naturpark Nossentiner/Schwinzer Heide. Eine wirtschaftliche Nutzung der Holzbestände findet nicht statt. Sämtliches Totholz verbleibt auf der Fläche.
Das Gebiet ist über Wanderwege nicht zugänglich.